心源性脑栓塞急性期应该尽早进行抗凝治疗，何时启动抗凝药取决于出血倾向和梗塞面积，面积大、容易出血，抗凝尤其需要谨慎。一般在临床上遵循1-3-6-12的抗凝原则，如果脑栓塞发生后，症状很快就完全恢复，发病1天就可以抗凝；对于没有引起残疾的小面积梗塞，一般在3天后开始抗凝；中等面积的梗塞，发生了一定程度的功能障碍，应该在6天后使用；大面积的梗塞至少要等待12天；如果梗塞面积大，伴有出血转化，或者病人有出血倾向，应该在发病2-3周以后，经过神经科医师的专科评估，再启动抗凝。以前得过心源性脑栓塞的病人，要定期监测血常规、血凝，长期使用抗凝药。
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